Единственный в мире открытый конкурс музейных экспозиций. Также в рамках биеннале проходят фестивали музейных изданий и фильмов, дискуссионная и концертная программа. Проводятся с 1995 года.
Самым значительным воплощенным проектом
Музея на Стрелке является учреждение и проведение в его стенах цикла Красноярских музейных биеннале. Красноярские биеннале - единственный в мире открытый конкурс музейных экспозиций. Также в рамках биеннале проходят фестивали музейных изданий и фильмов, дискуссионная и концертная программа. Первая биеннале прошла в декабре 1995 года (собралось 38 музеев). Своеобразным ее итогом можно считать организацию Ассоциации "Открытый музей", которая объединила более 70 музеев Красноярского края и страны в целом.
Во второй биеннале, проходившей в конце сентября - начале октября 1997 года, участвовало уже 50 музеев. Красноярские музейные биеннале получили международное признание именно после этой биеннале. Так в 1997 году по рекомендации Европейского музейного форума красноярскому
Музею на Стрелке был присужден специальный Приз Совета Европы "За вклад в развитие европейской идеи" (год владения переходящим "кубком" - бронзовой скульптурой "Женщина с прекрасной грудью" испанца Хуана Миро и 30000 франков).
Музей на Стрелке является первым и пока единственным обладателем этой награды среди российских музеев. Этому событию посвящена выставка под названием "Миро в Сибири".
География Третьей биеннале, проходившей в сентябре 1999 года, - музеи, художественные студии и галереи от Владивосток до Калининграда, зарубежное представительство - Германия, Голландия, Италия, Польша, Швеция, Франция. Всего в конкурсных программах было представлено 67 музейных экспозиций и художественных проектов, 29 фильмов в 6 номинациях ("экспозиционный фильм", "визитная карточка", "реклама", "визуальная антропология - традиционная культура", "открытая зона", "визуальная антропология - современная культура"), 54 издания в четырех номинациях ("образовательные издания", "периодические издания", "каталоги и альбомы", "презентационные издания").
Изменился на Третьей биеннале внешний облик здания: вместе с огромными широко распахнутыми глазами (подаренными Второй биеннале московской группой "Арт-бля") на фасаде музея появился рот, символизируя открытость, диалогичность и, может быть, даже человечность
Музея на Стрелке.
Кроме того музеем совместно с Ассоциацией "Открытый музей" проводились Сибирские музейные мастерские (сентябрь 1998) и Мастерская медиаинтерпритаций (июнь 1999).